Κύριος σκοπός του Ιδρύματος είναι η λειτουργία, σε εθνικό επίπεδο, ενός δυναμικού ευρωπαϊκού ερευνητικού και εκπαιδευτικού κέντρου, το οποίο να αποτελεί έναν κεντρικό θεσμό συντονισμού της έρευνας και μελέτης του έργου, της εποχής και της ζωής τού μεγάλου πολιτικού και της νεότερης ιστορίας της Ελλάδας χωρίς ιδεολογικές δεσμεύσεις και αγκυλώσεις, χωρίς τοπικούς περιορισμούς. Με ευέλικτη διοικητικοοικονομική οργάνωση που εξασφαλίζει ανεξαρτησία και επιτρέπει τη δραστηριοποίησή του πέρα από τις κρατικές και διοικητικές ιεραρχίες και τις κατεστημένες πανεπιστημιακές δομές.
Ειδικότερα και σύμφωνα με το Καταστατικό του, στους σκοπούς του συγκαταλέγονται:
α) Η συγκέντρωση, καταγραφή, κατάταξη, συστηματική τεκμηρίωση και ανάδειξη του πλούσιου υλικού, το οποίο αναφέρεται στην ιστορική πορεία του Ελευθερίου Βενιζέλου, υλικού το οποίο ευρίσκεται διάσπαρτο σε πολλές δημόσιες ή ιδιωτικές συλλογές στην Ελλάδα και το εξωτερικό ή σε αρχεία δημόσια ή ιδιωτικά. Το υλικό αυτό μετά την οριστική του ταξινόμηση θα τεθεί στη διάθεση των ερευνητών.
β) Η εκπόνηση μακροπρόθεσμων ερευνητικών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων, η συγκρότηση πληροφοριακών συνόλων, η ψηφιοποίηση του υλικού, το οποίο θα συγκεντρωθεί στο Ίδρυμα, με στόχο τη δημιουργία ηλεκτρονικών βάσεων δεδομένων Βενιζέλου, η επιμελημένη και σχολιασμένη έκδοση απάντων Ελευθερίου Βενιζέλου και γενικότερα η απόκτηση της επιστημονικής εκείνης υποδομής, που θα επιτρέψει την άνθηση βενιζελικών σπουδών στη χώρα μας. Στα πλαίσια αυτά το Ίδρυμα θα αναπτύσσει και θα προσφέρει υψηλού επιπέδου εκπαιδευτικές υπηρεσίες σε επίπεδο περιφέρειας, ελληνικής επικράτειας και διεθνώς, ενώ παράλληλα θα αναπτύσσει συνεργασία με έγκυρους φορείς της ημεδαπής και αλλοδαπής (πανεπιστήμια, μουσεία, ερευνητικά κέντρα, μορφωτικά ιδρύματα, κ.λπ.).
γ) Η ειδικότερη έρευνα και μελέτη της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας της Κρήτης και της Ελλάδας, με έμφαση στην περίοδο που έδρασε ο Ελευθέριος Βενιζέλος, σε συνδυασμό με την ανάδειξη των δεσμών του με την Κρήτη.
δ) Η κατάρτιση έγκυρης και πλήρους βιβλιογραφίας και εργογραφίας Βενιζέλου, καθώς και η σύσταση εξειδικευμένης βιβλιοθήκης και η συγκέντρωση εντύπων, που έχουν σχέση με τους σκοπούς του Ιδρύματος σε συνδυασμό με την οργάνωση φωνοθήκης, φωτογραφιοθήκης και ταινιοθήκης.
ε) Η καθιέρωση διεθνούς βραβείου “ΕΛΕΥΘΕΡΙΟΣ ΒΕΝΙΖΕΛΟΣ”, το οποίο θα απονέμεται σε πανεπιστήμια, οργανώσεις και προσωπικότητες , οι οποίες προωθούν: 1) διεθνώς και 2) μεταξύ των Ελλήνων της διασποράς, τη διάδοση της ελληνικής ιστορίας από των αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι σήμερον, της ελληνικής γλώσσας και γενικότερα του ελληνικού πολιτισμού.
στ) Η απονομή βραβείων σε συγγραφικά έργα που αναφέρονται στην περίοδο και στο έργο του Βενιζέλου.
ζ) Η χορήγηση υποτροφιών για την προώθηση ερευνών και μελετών, οι οποίες σχετίζονται με τους σκοπούς του Ιδρύματος. Οι υποτροφίες αυτές θα χορηγούνται με βάση τις διατάξεις του άρθρου 33 του υπ’ αριθμ. 18/23.8.1941 κανονιστικού διατάγματος.
η) Η οργάνωση συνεδρίων, εκθέσεων, διαλέξεων, προβολών, σεμιναρίων για εκπαιδευτικούς, μαθητές και μεταπτυχιακούς φοιτητές, καθώς και η συνεργασία με ειδικούς επιστήμονες. Επίσης, η παραγωγή ιστορικών ντοκιμαντέρ, η έκδοση βιβλίων και πληροφοριακών δελτίων για την προώθηση των σκοπών του Ιδρύματος.
θ) Η δημιουργία και οργάνωση μουσείων, κέντρων ερεύνης, εκδηλώσεων κ.λπ. στην Ελλάδα και το εξωτερικό, με στόχο την προβολή και διάδοση του ιστορικού έργου του Ελευθερίου Βενιζέλου, καθώς και τη διαφύλαξη της ιστορικής του μνήμης, μεμονωμένα ή σε συνεργασία με το Κράτος, οργανισμούς τοπικής αυτοδιοίκησης, πανεπιστήμια και άλλους έγκυρους φορείς της ημεδαπής και της αλλοδαπής. Ακόμα, στο πλαίσιο της ανάδειξης της διαχρονικότητας του Ελευθερίου Βενιζέλου η υλοποίηση έργων και κοινωνικών ερευνών για ζητήματα του σύγχρονου ελληνικού, ευρωπαϊκού και διεθνούς περιβάλλοντος, καθώς και σχετικών με θέματα νέων τεχνολογιών στην εκπαίδευση, τον πολιτισμό και την κοινωνική οικονομία.