Το Ίδρυμα συγκροτεί ειδική βιβλιοθήκη με εκδόσεις πρόσφατες αλλά και σπάνιες, σειρές επίσημων δημοσιευμάτων, εφημερίδων και περιοδικών, διπλωματικά έγγραφα, συνθήκες, λευκώματα, μελέτες, πρακτικά συνεδρίων, η οποία ήδη αριθμεί περί τους 7.000 τίτλους, ενώ υπολογίζεται η σταδιακή συγκέντρωση 15.000 περίπου τίτλων. Ο κατάλογος διαδικτυακής δημόσιας πρόσβασης (OPAC), ο οποίος συνεχώς ενημερώνεται με τις νέες προσκτήσεις, βρίσκεται στον τίτλο e-Library .
Στο αναγνωστήριο, το οποίο λειτουργεί καθημερινά (09:00 – 14:00) εντός του κτιρίου Διοικητικών & Επιστημονικών Υπηρεσιών του Ιδρύματος, οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να ανατρέξουν στην ηλεκτρονική βάση της βιβλιοθήκης και του αρχείου και να μελετήσουν το σύνολο του διαθέσιμου υλικού σε ηλεκτρονική ή φυσική μορφή.
Κύρια ενότητα της βιβλιοθήκης είναι η θεματική “Ελευθέριος Βενιζέλος”, που περιλαμβάνει την τρέχουσα βιβλιογραφία αλλά και σπάνιες εκδόσεις με τους λόγους, τις αγορεύσεις του στη Βουλή, συνεντεύξεις, μεταφράσεις, επετειακές εκδόσεις, καθώς και ξενόγλωσσα βιβλία, κυρίως γερμανικά, αγγλικά και γαλλικά. Επίσης, τμήμα της προσωπικής του βιβλιοθήκης, που υπήρχε στην Οικία Βενιζέλου ή δωρίθηκε στο Ίδρυμα από τον εγγονό του Ελευθέριο και τη σύζυγό του Λίλη Βενιζέλου, αποτελεί κλειστή συλλογή που φυλάσσεται στο γραφείο του στην Οικία – Μουσείο Ελευθερίου Βενιζέλου στη Χαλέπα Χανίων.
Πέρα από τις θεματικές “Ιστορία” και “Πολιτική”, για το σύνολο των διεθνών πολιτικών, οικονομικών και
κοινωνικών εξελίξεων του 19ου και 20ού αιώνα, ιδιαίτερη βαρύτητα δίνεται και στις ενότητες “Κρήτη»” (βιβλία που αναφέρονται στην ιστορία του νησιού, λευκώματα, μελέτες κοινωνικής, πολιτικής και οικονομικής ιστορίας, πρακτικά συνεδρίων), “Βαλκανικοί Πόλεμοι & Α΄ Παγκόσμιος Πόλεμος” (ιστορικά, στρατιωτικά, συνθήκες, διπλωματικά έγγραφα) και “Μικρά Ασία-Μικρασιατική Καταστροφή” (προσφυγικό, ιστορικά, στρατιωτικά, μαρτυρίες, κοινωνία, πολιτική).
Ακόμη, η βιβλιοθήκη περιλαμβάνει εκδόσεις με ειδικότερες θεματικές την κοινωνική, οικονομική και πολιτική ιστορία γεωγραφικών διαμερισμάτων, όπως η Β. Ήπειρος, η Μακεδονία, η Θράκη, η Σμύρνη, η Κωνσταντινούπολη και η Κύπρος. Η συλλογή συμπληρώνεται με γενικές εκδόσεις (λεξικά, εγκυκλοπαίδειες, σειρές), καθώς και με βιβλία λογοτεχνίας, τέχνης κ.ά.
Ιδιαίτερης σημασίας είναι το γεγονός ότι τόσο η βιβλιοθήκη, όσο και το αρχείο του Ιδρύματος είναι διαθέσιμα μέσω της ιστοσελίδας σε ερευνητές, φοιτητές και κοινό για την έρευνά τους.